360杀的是不是系统程序

关于昨天用360查了电脑发现有木马程序，杀完以后再扫描就没有了，但是电脑运行变的很慢了，我怕还有病毒就又用木马清道夫和超级兔子杀了一次，没查出什么来，但还是很慢，我就重装了系统，装完系统用360查了一下又有病毒，杀完以后电脑又变慢，我要崩溃了，360杀的不会是系统程序吧？的问题

真正强悍的木马360根本清除不了，修复一下儿系统吧，这样或许管用。