我服务器上的文件天天给别人修改，请教我该如何查处漏洞？

关于我服务器上的文件天天给别人修改，请教我该如何查处漏洞？
那些约定俗成的东西我都改了
1，难道他哪里留下了痕迹
2，他从那里攻击进来的？
我如何去找出来问题来了？
请教
十分感谢的问题

可能被人挂了马，尤其是允许上传并开了WEB服务的机器。
检查上传文件，并修改代码堵住漏洞。